为了保持遗照的“新鲜”，祖父年年都要拍遗照。某天，少年保润替祖父取遗照，从相馆拿错了照片，他看到了一张愤怒的少女的脸。他不知道是谁，却记住了这样一张脸。

 有个年年拍遗照、活腻透了的老头儿，是谁家有个嫌贫贱的儿媳都不愿意看到的。祖父的魂丢了，据说是最后一次拍照时化作青烟飞走了。丢魂而疯癫的祖父没事儿就去挖别家的树根，要找藏有祖先遗骨的手电筒。

儿媳嫌弃，儿子不争，祖父只好交给医院关照。祖父不屈不挠，开始“破坏”医院的树木。周围的人都被祖父气疯了，照看祖父这件事自然落在了保润身上。为了驯服不安分的祖父，保润发明出了自己独特的绝招——娴熟的“捆人”技术以及五花八门的绳结。祖父变得服服帖帖，保润也成了医院里的大名人，不断地被请去驯服那些不安分不听话的病人。

 终于有一天，他在医院里，撞见了照片上那个不知名的少女。

 少女无名，是从小被医院老花匠收养的弃婴，人称仙女。仙女年少傲气，唯独听命于柳生。与仙女约会，让保润动了心，他与柳生做一个交易。事后发觉被柳生欺骗的仙女看不上保润，两人在溜冰场上不欢而散。

 保润心有不甘，柳生遂撺掇两人的舞会，跳小拉，地点在医院的水塔。仙女不从，保润便使出自己的捆人绝技，把仙女捆在了水塔里，扬长而去。然而，等待他的，却是警车。柳生出来了，保润却被留在了监狱里，蒙受十年冤屈，徒耗十年光阴。

 这十年里，仙女被视为“扫帚星”远走故里，保润一家则早已家破人亡。柳生深藏罪疚，洗心革面，代替保润照顾祖父，做起了本分的生意。万料不到，仙女回来了，回到了这间医院和香椿街，改名“白蓁”。柳生迷上了更漂亮的白蓁。但曾经的罪恶是抹不掉的，白蓁再次离开了。

 保润出狱，柳生迎接。两人成了至交，仿佛彼此不曾相欠。可是，白蓁带着肚里的孩子回来了，致使三人无法不去面对过往的巨大创痛。在水塔里跳一场小拉，对于保润来说，就与白蓁（仙女）“清账”了。他曾经以为，自己与柳生之间，过去的就过去了，但是，命运迫使他发现，该还的终是要还的。于是，在柳生的新婚之夜，他终于跟柳生“清帐”了……

 白蓁走了，留下了一个红脸婴儿，红脸是羞耻，是愤怒。他躺在保润祖父的怀里，那个比任何人都活得长久、活得不朽的祖父。

  小说的创作灵感源于一个真实事件。在作者青少年时期，邻居家一位老实巴交的男孩儿卷入了一起青少年轮奸案，最终被判入狱。《黄雀记》的写作过程中，作者一直在想着俄国作家陀思妥耶夫斯基的《罪与罚》《被侮辱与被损害的》两部代表作。

  仙女美丽聪慧，“谁都承认仙女容貌姣好，尤其是喂兔子的时候，她歪着脑袋，嘴巴模仿着兔子食草的口型，一个少女回归了少女的模样，可爱而妩媚”。这样一个女孩却被父母送了人，成了精神病院井亭医院花匠的孙女。她是精神病院育苗基地里唯一的一棵幼苗。花匠墙上的标语是：“育苗重地，闲人免入。”然而仙女总是遭到伤害。仙女在童年时就对精神病院充满了厌恶，她只想离开这里。当她遭到一个戴眼镜的病人猥亵时，她心里怕了，嘴上不肯认错，哭着质问奶奶，为什么要和鬼住在一起？为什么不能上幼儿园？她本质上也是孤独的，唯一的玩伴就是笼中的兔子，兔子关在笼中，也是被缚。

仙女长大后离开了井亭医院，但是命运却捉弄了她，当她变成白小姐后，竟然又回到了这里，于是，少女时代的一切又在眼前，一次次拷问每个人的灵魂。如何面对过去成了每一个人最艰难的事情，尤其是曾经的罪与罚，指向他人容易，指向自己则难。仙女任性、对人有天然的敌意，她终被异性不负责任地抛弃。柳生死后，仙女被追打，情急之下跳进了河里。她“接受河水的训诫，洗一洗。洗一洗吧。她安抚了自己，又用手蘸水，摁一下腹部，以河水安抚胎儿，孩子，好好洗一洗，我们洗一洗再死吧”。洗过之后，仙女看见一绺绛紫色的烟霭，跟着她上桥下桥。烟霭那么轻，她的身体却如此沉重。被河水清洗之后，仙女找回了自己的魂，于是，她和肚子里的孩子都有了羞耻之心，她生下孩子后又一次抗争命运，离开井亭医院，不知所踪。

    柳生

  柳生少年时是香椿树街为数不多招人喜欢的孩子，他的家境、外貌、性格都还好，但是他强奸了被保润捆住的仙女，保润替他坐了十年牢，他自己也一直想赎罪，先是照顾保润的祖父，“他欠保润的，都还到了祖父的头上。与祖父相处，其实是与保润的阴影相处，这样的偿还方式令人疲惫，但多少让人感到一丝心安，时间久了，他习惯了与保润的阴影共同生活，那阴影或浓或淡，俨然成了他生活不可缺少的色彩”。后来又照顾怀孕的仙女。“他的生活被侥幸所定义了，多少年来父母的絮叨像一只闹钟，随时随地提醒他：‘你的快乐是捡来的，不要骨头轻，夹着尾巴做人吧。你的自由是捡来的，不要骨头轻，夹着尾巴做人吧。你的全部幸福生活都是捡来的，不要骨头轻，夹着尾巴做人吧。’”强烈的负罪感与赎罪念头让他失去了做人的基本快乐。十年后再见仙女，他的精神开始遭受巨大的折磨，他面对自己过去时是艰难的，精神上的痛苦让他突然间得了胃病。柳生成年后经常出入井亭医院，他一直以为自己是健康的，但面对过去时，他也成了精神病人。十年前曾经做过黄雀的柳生“除了羞耻，除了痛苦，他还感到了一丝自怜”。最后在新婚之夜被保润杀死了。

    保润

  保润是小说中的重要人物，他孤独，性格孤僻，不擅表达。保润喜欢仙女却不会表达，遭到仙女的打击后只会用暴力回击，他回击的方式是用绳索把仙女捆绑起来。他蒙冤入狱，十年青春在牢里度过。他的爱与恨都无法表达也无处表达，只能给自己身上刻下四个字：君子报仇。“君子报仇，十年不晚。”十年后的保润曾经想过和解，但因为误会仙女和柳生又一次欺骗和背叛了他，极度愤怒之下在柳生的新婚夜杀死了柳生。对于保润来说，承担祖父的行为是他的命运，承担柳生的罪行是他的命运，而他唯一的反抗方式就是杀人。